修士課程では講義による教育が重要視され、各専攻の分野の専門知識と研究方法を養うことが目的である。各専攻は、学部での教育、研究を引き継ぐ体制で、学部の教育内容の専門性をさらに深化させた教育を行っている。授業は講義、特別講義、特別演習（実験）と特別研究がある。このうち講義では、専攻分野の研究を進めるのに必要な専門知識を修得させる。特別講義では、学内・学外の優れた研究に触れ、他領域、複合領域との関連と、広多角的な視点からの研究の必要性を理解させる。また、特別研究では、指導教員による個別指導のもと、専門分野における新しい問題について調査・研究を通して解決する能力を涵養する。

• 修士課程の修了要件は、大学院に標準2年以上在学、32単位以上修得し、修士論文の審査ならびに最終試験に合格すること。
• 修士論文の作成と発表会では、プレゼンテーション能力、研究結果を論文にまとめる能力を育成し、専攻分野における研究能力を養う。
• 博士課程数理・環境システム専攻では、具体的には専攻のカリキュラムポリシーにあるように、数理システム講座と地球環境システム講座で各分野における高度な研究活動を展開している。

社会情報専攻（修士課程）（令和3年4月募集停止）

• 情報ツールの習熟のために「情報データ解析特論」を設け、学部で得た知識・技術をより高度化する。
• 社会を分析する諸分野の専門的知識を身につけるため、マーケティング、ファイナンス、経済、会計、国際政策、考古・歴史、経営科学、データ解析などに関する講義科目を開講し、それをベースに「特別研究」において、専門的研究の指導を行っている。
• 学際的研究態度の涵養のために、上記特論を、専門領域だけでなく、その他、9科目以上を履修するよう定めている。また、「社会情報特論」で専攻内諸分野の研究手法を紹介、習得を目指すほか、学外より講師を招いて「社会情報特別講義」を実施、本専攻で設けている以外の研究分野について講義していただいている。これらの科目は必修としていないが、履修するよう指導している。
• 研究指導は、専門領域の教員だけでなく、隣接領域の教員と共同で指導する。この複数教員により、定期的に研究発表・指導を行う。さらに、1年次より、全領域の教員で、年2回の中間発表会を行い、これらによって、広い視座による研究を指導するほか、プレゼンテーション能力も育成する。