「基幹科目」では、各分野の国際的・先端的内容に触れ、生物学、天文・地球科学、地理・考古学の関連性について理解を深める。 「複合学際科目」では、それぞれの分野を統合して理解する学際的視野を養い、さらにそれらは修士論文を作成する「特別 研究」において統合・集約できるよう構成されている。 「演習」では、実地・実物の観測・測定・分析・記録によって体験的学習を積み上げ、豊かなフィールドワーク経験から、 大学院生各自の個性と適性を自ら認識させ、解決すべき課題を発見させることで、問題解決を図るために必要な方法を習得する。